不明原因肝病是指无诱因的持续或反复肝功能生化指标异常，或肝脏影像学检查异常，通过常规的病史询问、体格检查和实验室检查仍不能明确病因，部分患者因不能及时明确病因而延误治疗致使病情持续进展。
脂肪肝是指超过5%肝细胞发生脂肪变性，其常见的病因包括非酒精性脂肪性肝病、酒精性肝病、药物性肝损伤等。此外，部分代谢性肝病也可引起脂肪肝。由于肝穿刺活检的有创性，目前脂肪肝的诊断多依赖于CT、B超、瞬时弹性成像（FibroScan）等无创方法，而这些无创诊断方法的性均较低。国外超声和病理对照研究显示，B超对重度脂肪肝（脂肪变性≥70%）诊断的性为98.4%，但对中度（脂肪变性30%-60%）和轻度（脂肪变性5%-30%）的性分别只有79.7%和62.2%。脂肪肝在CT平扫上表现为CT值降低，CT诊断脂肪肝的性和性与超声类似。瞬时弹性成像的受控衰减参数（CAP）根据超声衰减原理重新制定，能够测量并区分出10%以上的脂肪变。新近发表的一项Meta分析显示其诊断脂肪肝的性约68.8%。新近出现的通过磁共振技术测量质子密度脂肪分数（proton density t fraction，PDFF）来定量分析肝脏脂肪含量被认为是最精确的无创诊断手段，但尚未广泛被临床应用。
目前，临床上可应用的无创诊断脂肪肝手段的性较差，尤其是对脂肪变性＜30%的轻度脂肪肝容易被漏诊。对肥胖或合并代谢综合征者如出现不明原因的转氨酶升高，即使超声、CT等检查正常也不能排除脂肪肝的可能，必要时需行肝穿刺病理学检查以进一步明确。同时，对于体质量正常、无代谢综合征的脂肪肝患者，要注意除外药物、酒精、代谢性肝病等原因引起的继发性脂肪肝。
AIH是一种由针对肝细胞的自身免疫反应所介导的肝脏实质性炎症，以血清自身抗体阳性、高免疫球蛋白（IgG）和/或γ-球蛋白血症、肝组织学上存在界面性肝炎为特点，其临床表现多样，一般表现为慢性、隐匿起病，但也可表现为急性发作，甚至引起急性肝衰竭，是不明原因肝病较为常见的原因。目前，AIH诊断存在一些误区，主要表现为：①仅凭自身抗体的阳性或阴性即诊断或排除AIH；②忽视IgG在诊断和疗效评估方面的价值；③对自身抗体阴性和/或IgG正常的不典型AIH认识不足；④临床与病理诊断脱节，难以发挥病理诊断的最大优势。
目前，临床缺乏性诊断AIH的指标。国际AIH小组推荐的综合评分和简化评分可作为辅助诊断的工具。对AIH诊断正确的认识应该是：①综合评分和简化评分是诊断AIH的重要工具，要“借助评分但不唯评分”，在综合分析临床表现、实验室资料、病理特征的基础上做出诊断；②组织病理学检查对AIH诊断有着不可或缺、不可替代的作用；③免疫不仅是AIH最关键的治疗，对免疫治疗的应答也是检验诊断正确与否的重要标准。
DILI是指由各类处方或非处方的化学药物、生物制剂、传统中药（TCM）、天然药（NM）、保健品（HP）、膳食补充剂（DS）及其代谢产物乃至辅料等所诱发的肝损伤。对于肝毒性较大的药物引起的肝损伤临床诊断并不难，但对于肝损伤不常见的药物，或是保健品、膳食补充剂等引起的肝损伤，患者往往认为与疾病无关，或认为不是“药”，从而不会主动提供这方面的病史。医生在询问病史时需注意这方面的问题，如首乌、土三七等，在部分农村地区常规作为补品使用，甚至在熬粥时都会加入首乌，这些药物可能引起严重的肝损伤，部分常用药也会引起严重的肝损伤，如阿莫西林/克拉维酸钾会引起胆管缺失综合征，临床上表现为胆汁淤积性肝损伤。询问病史时要细致和周密，详细了解发病前和发病期间的药物、保健品、补品、化学品等使用史，判断其与肝损伤的相关性。肝组织病理检查的某些损伤模式有助于DILI的诊断，对于不明原因的肝损伤或诊断DILI有疑问者，行病理学检查。
遗传代谢性肝病是指基因突变所引起的肝脏发育异常或代谢障碍性疾病。常见的遗传方式有常染色体显性遗传和常染色体隐性遗传。该病的疾病谱广，铜、铁、卟啉、氨基酸、尿素、糖、果糖、乳糖、脂蛋白和脂质、胆红素、胆汁酸等的代谢异常，都可以引起肝脏疾病。临床上的一些症状和体征可以提示代谢性疾病，基因检测技术的进步也为临床提供了更有价值的诊断手段。
关于遗传代谢性肝病的诊断，需要注意的是：①遗传代谢性肝病并非仅见于儿童，儿童期发病的遗传代谢性疾病可延续至期。另有一些疾病可在成年阶段首发，如血色病、Wilson病、良性复发性家族性胆汁淤积症等；②遗传性代谢性疾病不一定有家族史，该类疾病的发病由遗传因素和坏境因素共同作用，即使相同基因背景的个体，是否发病、发病早晚、病情轻重等也不尽相同；③常染色体隐性遗传性疾病，携带致病突变的杂合子也可能发病，致病性弱、杂合的致病突变发病年龄晚，临床表现轻且不典型。致病性强、纯合的致病突变发病年龄早，临床表现重且典型。
肝脏供血占心输出量的20%，通过门静脉和肝动脉双重供血（门静脉供60%～70%，肝动脉供30%～40%），并通过肝静脉回流。累及门静脉、肝动脉和肝静脉及其分支的病变，都可以引起供血或引流区域肝组织缺血缺氧，病情的轻重主要与病变程度及病变有关。常见的疾病有累及肝静脉系统的Budd-Chiari综合征、肝窦阻塞综合征（sinusoidal obstruction syndrome，SOS），累及门静脉系统的门静脉血栓、特发性门脉高压症，累及肝动脉系统的动脉炎等。由于肝脏双重血供的特点，门静脉或肝动脉单支阻塞引起的缺血较轻，但如供应某区域的门静脉和肝动脉同时被阻塞，会引起相应区域肝组织梗死。胆管仅由肝动脉供血，故肝动脉损伤常伴有胆管缺血损伤和淤胆。除肝组织缺血引起的肝细胞损伤外，肝血管性疾病几乎都会有门脉高压，且会向肝硬化进展。与其他疾病所致的肝硬化门脉高压不同，肝血管性疾病门脉高压通常早于肝硬化出现，详细了解患者疾病发生发展的过程有助于鉴别诊断。
影像学检查是诊断肝血管疾病的重要手段，可选的检查包括超声、增强CT、增强MRI、有创血管造影等。近几年，随着影像学技术的进步，可以对门静脉、肝动脉、肝静脉等肝血管系统进行软件二次成像，可部分替代有创血管造影。此外，肝组织病理学检查对查找可能的病因、评估疾病严重程度也有着不可替代的作用。
很多或其他系统的疾病可以累积肝脏，有时首发于肝脏，需纳入鉴别诊断的范围，如心血管系统疾病会引起淤血性肝损伤和肝静脉回流障碍；血液系统疾病会引起肝脏含铁血黄素沉积、肝脾肿大；自身免疫性疾病会引起肝功能异常；甲状腺机能亢进症会引起中毒性肝损伤，糖尿病会引起糖原性肝损伤；败血症和肠外营养会引起胆汁淤积等。马伊琾
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