一般统计，结直肠癌的发生率在有息肉者高出无息肉者的5倍，应积极治疗。结直肠息肉在治疗前应仔细询问家族史、作细致体检及全面的消化道检查(X线和内窥镜等)，以分析伴发消化道其他部位息肉和其他脏器的肿瘤。
对儿童期息肉，如为错构瘤性息肉，因这种息肉蒂常逐渐缩小而自动排除，一般不需治疗。儿童期需治疗的息肉，宜行内窥镜摘除，尽量避免探查。
结直肠的任何息肉一经发现，均应予以摘除送组织学检查。确定组织学类型后，尽快制定最终治疗方案。
1．组织学类型增生性，错构瘤性和淋巴性息肉虽常为多发性，但很少有恶变倾向，尽可能采用经内镜下摘除。管状腺瘤恶变率低，宜行经肛或内镜下肿瘤摘除。广基绒毛状腺瘤恶变率高，宜手术切除治疗。
2．息肉的大小直径在1.0cm以下的息肉，内窥镜摘除较易完成；直径大于4.0cm时，应采用不同径的手术切除。
3．息肉的形状带蒂息肉易于经内窥镜摘除。平坦/弥漫性生长或浸润性的病变，以及大的无蒂息肉，多为绒毛状腺瘤或癌，应行手术切除。
4．息肉的数目多个结肠息肉，如50个以上，可能为息肉综合征，应先取1枚或数枚息肉行组织学检查，然后再确定治疗方案。
由于功能的特殊需要，对直肠息肉或累及直肠的息肉病的治疗，病灶的部位对术式选择具有一定的影响。如在处理结肠较大的绒毛状腺瘤时，宜行肠段切除，而在处理直肠内此类病变时，如其他因素允许，应首先考虑经肛肿瘤切除术。
经内窥镜咬取组织学腺瘤己癌变时，只要可能（除非为难以经内窥镜完整摘除或己确诊为浸润癌者），应将整个息肉摘除行组织学检查，以供病理医师向临床提供完整的组织学资料。
因仅以息肉的某一部分活检资料而行创伤较大的外科治疗是盲目的，尤其是肿瘤位于直肠而治疗直接关系到功能的情况下，更是如此。冰冻切片协助立即做出治疗决定。
正确的病理学诊断对决定息肉癌变的治疗至关重要。因此，外科医师需和内窥镜，病理医师密切配合，肯定腺瘤是否完全切除，了解其大小、病理分类、组织学类型、癌细胞的分化程度、浸润的深度、切缘是否有癌、淋巴管和静脉有无浸润，以便做出正确的判断。决定治疗方案的因素有以下几方面。
局限在粘膜内的原位癌，不具有转移能力，如己进行完整的腺瘤切除，则不需再行切除术。己浸润到粘膜肌层的浸润性癌，广基者应行包括第1站淋巴结在内的肠切除术。有蒂者如癌己到切缘，即有癌残留的性，必须进行肠切除术，否则须观察随访。
目前腺瘤癌变治疗存在争议，实际上是对带蒂、细胞分化好或中等分化、淋巴管和血管未受累的早期浸润癌是否需进一步处理意见不一致。
Colacchio认为， 目前还不能准确预测哪些情况下可能发生淋巴转移，对癌变包括早期浸润癌的腺瘤一律行肠切除。
Morson等认为早期浸润癌的淋巴转移率极低，小于2%，局部切除的死亡率并不高于肠切除术，因此认为除非病灶切除不完整，不必再行肠切除治疗。
Eckardt等比较了单纯息肉、息肉伴重度型增生、息肉伴浸润癌经内窥镜行息肉切除后的复发率及5年率，均无统计学差异，说明内窥镜切除同样是安全可靠的。
1）管状腺瘤：癌变侵及粘膜下层时， 由于粘膜下层有丰富的淋巴管及血管，理论上必然有发生转移之可能，然而临床经验，管状腺瘤侵几粘膜下层时，淋巴转移率是很低的，一般不超过5%。
故浸润性癌变限于有蒂的管状腺瘤或混合腺瘤头部时，只行肿瘤切除己足够。如果切缘癌阳性或癌距切缘甚近、病理检查见淋巴管或血管受侵或有癌栓形成、癌变属低分化或未分化癌时，则需按结直肠癌治疗原则处理。
2）绒毛状腺瘤：癌变者30%发生浸润，一旦发生浸润性癌变，淋巴结转移可占全部癌变病例的16～39%，故对活检为浸润性癌变的绒毛状腺瘤，应按结直肠癌原则进行处理。
3）混合性腺瘤：有浸润性癌的混合性腺瘤的治疗应根据：①蒂：有蒂者，治疗原则与管状腺瘤相同；无蒂者，则按绒毛状腺瘤癌变原则处理。②绒毛成分的比例“绒毛成分较多时，则应按绒毛状腺瘤癌变原则处理。
低分化癌或在组织切片上有淋巴管或血管浸润者，易发生转移和局部复发，应按结直肠癌手术切除。
癌接近切除平面或切缘有癌，则必须追加外科肠切除。1983年Cooper报告56例经纤维结肠镜切除的癌变息肉，包括切缘有癌和癌近切缘者（0.8cm以内），34例再行肠切除，发现5例（14.7%）有淋巴结转移，2例有肝转移。
根据患者年龄和状况，权衡根治性手术的性和复发的可能性，进行个体评价，以决定治疗方案。
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